Okulumuzun kuruluşu Malatya Valiliğinin 24.01.1994 tarih ve Milli Eğitim Müdürlüğünün 311.144-94/Kül.İş.Şb./3025 sayılı yazıları ile Bakanlıktan istenmiş,Bakanlıkta14.02.1994 tarih ve 478 sayılı olurları ile Malatya Ticaret Lisesi Lojmanında Öğretilebilir düzeydeki Zihinsel engellilere Eğitim Öğretim hizmeti vermek üzere Ali Kuşçu Anaokulu,Eğitim Uygulama Okulu ve Mesleki Eğitim Merkezi adıyla gündüzlü bir Özel Eğitim Okulu açılmasına karar vermiştir.

Okulumuz adı geçen binada 03.03.1994 tarihinde açılarak hizmet vermeye başlamıştır.

Okulumuzun adı daha sonra Bakanlık Makamından alınan 16.08.1999 gün ve Özel Eğitim Rehberlik ve Danışma Hizmetleri Genel Müdürlüğünü B.08.0.ÖRG.0.20.01.05-420/2292 sayılı onayları ile Ali Kuşçu Eğitim Uygulama Okulu ve İş Eğitim Merkezi olarak değiştirilmiştir.

       Bakanlığımızın yeniden yapılandırılması ve 4+4+4 Sistemine geçilmesiyle birlikte Okulumuzun İsmi Ali Kuşçu Özel Eğitim Uygulama Merkezi Ve Özel Eğitim İş Uygulama Merkezi  olarak değiştirilmiş ve 3 Kademeye ayrılmıştır. Halen Okulumuzda tek binada 3 kurum olarak hizmet vermektedir.

Okulumuz binanın yetersizliği yüzünden Malatya Valiliğinin 12.07.1996 tarih ve 700/22662 sayılı olurları ile Cengiz Topel İlköğretim Okulunun eski binasına taşınmış burada da yetersizlik olunca 06.06.2003 tarih ve 18922 sayılı olur ile Mehmet Topsakal İlköğretim Okulunun eski binasına taşınmıştır eğitim-öğretime burada devam etmektedir.